云和山的彼端是什么？是仙人的国度、还是撒旦的故乡？
去吧！到东方去吧……
故事背景
中国的传说年代，人与魔之争时，人类使用一把神兵利器——轩辕剑，屡败魔族，创世神认为人类与魔族无法共存，于是再从混沌中创造新天地，将魔族移居到别的世界，从此结束了传说时代的战争，开始人类世界历史。这些传说，随着时间的消逝逐渐被人遗忘，但神兵利器出世的传闻，却从不间断。
除了轩辕剑之外，还有创世神开天辟地时使用的神器——炼妖壶，在上古英雄的手里辗转流传，在这些古人的庇护下，中国到了文化鼎盛的时代——唐朝。唐朝太平盛世的事迹，从举世闻名的丝绸之路，传到世界各大文明国度，许多商人都在世界各地，讲述关于他们在丝绸之路旅行的故事，文化、文明因此频繁的交流着。本来，这个时代应该是不再需要新的神话故事，但是，神话时代就存在的轩辕剑，却又有新的传奇在人间流传出来。
《轩辕剑三》这次的故事，要从中国以外的地区，一个传奇人物身上开始说起 ……
威尼斯篇
攻略流程：酒馆——教堂——墓园——秘道——教堂后院——监狱——广场— —东南山洞——修道院——海盗船——西南山洞——海盗船——启程！
大唐盛世，人们安居乐业、欢歌载舞。在充满异国情调的威尼斯，酒馆的一角，身负重命的主角赛特正在喝酒。酒馆老板正和两位客人谈论着最近法兰克骑士团在威尼斯的宗教清洗，所谓的异教徒更会被处死。这时闯进来两个法兰克骑士，其中一个发现了赛特的身份。赛特打倒两名所谓的骑士（虾米兵吧？）后，从酒馆老板口中得知，被捉的一众阿拉伯人关在教堂的监狱里，因为赛特要搭阿拉伯人的船到东方去，所以决定去救他们。
教堂大门前的两名卫兵不准赛特入内，右下河边有一个小孩，与他对话知道可以通过“秘密通道”进入教堂后院，而通道在墓园里。墓园的两个迷题的答案分别是4/ 7，2/7，1/7和84岁。通过秘道来到教堂后院（注意，迷宫里有些瀑布后面是可以走过去的，得到的封印之剑以后有用得着的地方，别卖了），根据约瑟教父的提示开了两边塔顶的开关后，进入监狱（在礼堂祭坛下正中央的门口）救了一众阿拉伯人，知道会开船的那位阿拉伯人已经被押至广场并很快被烧死。再救左边牢房的老人，之后老人便会送赛特一件特别的礼物，到祭坛布一个魔法阵召唤出活泼可爱的女主角妮可（没有半点魔气的哦）！
赛特带着妮可，到达广场（敲大钟20下可以获得好东西），发现执行任务的居然是护教骑士团的队长麦尔斯（前世与赛特有一段因缘呢！此为后话），打倒麦尔斯后，一名女子匆匆跑过来请求赛特不要伤害他的麦尔斯，原来这位法兰克女子正是赛特所心仪的莉莲，妮可连续释放两个闪电把两人电晕，赛特训了妮可一顿后救下那群阿拉伯人，其中有一名叫莫雷的海盗告诉赛特说他有一艘船在威尼斯东南方的山洞里，于是大家便前往山洞，为免麦尔斯追过来，赛特抱走受伤的莉莲（出于私心的吧？）作为人质。
大家到了船上，莫雷发现航海图不见了。接下来便要到西北方的修道院找航海图。出发时，妮可发现赛特身上带有一个中国瓷壶，竟然就是盖世法宝“炼妖壶”！妮可带赛特的灵魂进入炼妖壶，想不到里面别有洞天，小亭、石山、流水、浮云……旁边还有一个石碑，炼妖壶的主人壶中仙在上面留了两句诗：世外悠悠隔人间，不忍凄凄乱世烟。当时炼妖壶的主人一定很忧伤吧？赛特正想得入神，妮可大吵着这里好有意思，并决定以后就搬到这里住了……
去到修道院打倒院长后，拿到航海图和六芒星阵。出来的时候，发现修道院已经被麦尔斯带领的骑士团重重围住，这时候妮可召来魔界头领撒旦摩下的一员大将姆斯比尔帮忙，想不到脾气暴燥的姆斯比尔听了赛特的话后，大发雷霆，一下子便击败了所有的骑士，连赛特也被打倒在地……赛特醒来的时候，妮可非常懊悔把姆斯比尔召唤出来，赛特安慰几句后便和妮可回船上了。
回到海盗船，把航海图交给莫雷，莫雷告诉赛特，有两个阿拉伯人到西南方的山洞去取水和食物，但去了很久还没回来……赛特接下来就要去救他们了。最好在进山洞前练练级，因为山洞里的弑肉妖也挺厉害的呢！
救回两个阿拉伯人后，大家就可以扬帆启程了……欧洲篇完
移动岛篇
船在海上航行还没多久，就被几艘战舰围住了，可是不知为什么他们却自己打起来。原来麦尔斯带领的法兰克骑士团的胡乱杀戮，其更抢了商船欲出海围剿异教徒，引起了威尼斯护民官的不满，于是护民官便带了威尼斯海军，杀了过来，想把骑士团绞灭在海上并嫁祸于海盗。先找到护民官，与他对话后就可以找邪恶的传教士康那里士，打倒他后，他竟然施法弄出一个岛来，于是，于是船搁浅了……
因为骑士团不适应海战，所以在正规海军面前节节败退，逃到了岛上的一个城堡里面。护民官带领众海军，追杀过去。赛特想起护民官的海军不适应陆战，放心不下，跟了上去（右边的船有秘密地点）。在城堡前，碰到了护民官，赛特自告奋勇进去探路。在上楼之前可在魔界商店买些东西，住住旅店恢复状态。走左边的楼梯，直上顶楼（途中会碰到一个机关，并不复杂，解了之后可以四处拿些装备），看见骑士团的人倒了一地，全部GAME OVER，他们的队长麦尔斯正和刚才逃走的康那里士恶斗，赛特所心仪的莉莲正被钉在十字架上！麦尔斯败下阵来，为了心爱的女人，他不惜放下尊严，求赛特救救莉莲。赛特当然不会罢休，于是与传教士大斗一场，杀死了康那里士（可以得到吸血鬼指环，装备在赛特身上并等它完全成长就可以吸敌人的血，非常好用），但是也回天无术，莉莲还是忧伤的死去，痛心不己的麦尔斯抱起莉莲的遗体悲伤而去。赛特只好回到城堡外，告知护民官骑士团已经全部被城堡的妖魔杀死，而自己也把妖魔杀死了。护民官一伙回去之后，莫雷匆匆跑过来告诉赛特这个奇怪的岛正在向东方移动，赛特突然有个大胆的想法，利用这个岛屿前去阿拉伯。赛特叫大家先到城堡住下，而自己先在岛屿四处观察一下。城堡右上方的海边有一个隐藏的山洞，进去会在里面发现一个箱子，箱子里关了一个叫阿高司的怪物，只要在来的路上抓一个牛头鱼和一个妖猫他就会出来归顺你。
回到城堡大厅，走右边来到城堡的后花园，看见麦尔斯在莉莲的坟墓前发呆，莉莲的死激发了麦尔斯的愤怒，麦尔斯发誓以后再也不相信上帝，愤愤而去，而这正中了邪恶传教士康那里士的圈套……天真烂漫的妮可跑出来，和莉莲以前的小狗在花园里玩，发现一个池塘和三个会说话的石像，他们一致认为妮可是他们的主人，而他们在海底泡了几百年，现在终于认回了他们的主人。石像告诉妮可，这个岛正是妮可的家，而三个石像也是妮可造出来的，本来是有四个的，可不知为什么几百年前少了一个。从石像口里得知，他们有能力移动这个岛屿，于是赛特便请求石像帮忙载大家到阿拉伯去。石像给赛特出了两个难题，第一个是到城堡二楼的了望台拿一个“冥海神石”。在打败守护神石的“高地骷髅妖”后得到冥海神石，回去之后三个石像便利用神石的力量，引发了赛特“穿越时空”的能力，要赛特回到过去（即是欧洲篇出修道院时那一段），打败撒旦摩下的大将姆斯比尔，拯救自己（未来战士？）。这也是石像的第二个任务。赛特回到过去后，姆斯比尔终于知道了撒旦重视赛特的原因是看上了他有穿越时空的能力（其实不仅如此），于是姆斯比尔劝说赛特加入魔界阵营，赛特当然不愿意，姆斯比尔大怒，两人又再次大打出手……打倒姆斯比尔后赛特又会回到现在。完成了石像的任务，石像终于答应赛特，使岛屿移向阿拉伯。
小岛在海上航行了几个月，有一天，小岛突然震了一震。赛特到城堡二楼的了望台一看，原来是一座冰山撞向了小岛，还看到一群穿黑衣的阿拉伯人正在登陆冰山。原来是阿拉伯女英雄“薇达”带领部下，追了过来，发誓要杀死冰岛上的妖魔。回到后花园，这时城堡闯进来一群冰山来的妖魔，把莫雷他们冰封了起来。石像告诉赛特，这是冰山的主人“蓝魔神”搞的鬼，也只有打败她才能解开莫雷他们中的魔法。出到城堡大厅，打倒那些妖怪之后，再到冰岛去。赛特在冰岛上碰到一个薇达的手下，从他的口中得知原来薇达和她的部下都被封在了冰山里面。一直向上走，从另一个入口进到冰山里面，发现一个石像，原来这就是后花园的第四个石像——波希顿，几百年前被蓝魔神搬到了冰山做了装饰品，波希顿还告诉赛特，蓝魔神躲在冰山的深处，只要把他搬回城堡的后花园，四个石像合力作法就可以发挥最大的威力，把蓝魔神轰出来。于是赛特就把波希顿带了回去，四个石像终于团聚了，彼此述说别后之苦，都说那蓝魔神实在太可恶，于是四个石像齐心合力，作法从城堡后面的火山里弄了一个大火球出来，把冰山轰了一个大洞。四个石像有点出乎意料，都奇怪干嘛没有把冰山轰沉，原来是久不合作，法术的威力打了折扣，于是他们又计划再来一次，赛特大吃一惊，赶忙叫石像们停手，先让他救了被冰封了的阿拉伯人再作法。于是大家约定等赛特回来再把冰山轰沉，接下来就要快到冰山救人了。沿着被轰开的洞进去，发现很多穿黑衣服的阿拉伯士兵已经被冰封住了，刚才那位敲洞口的士兵正在抢救同伴，赛特答应去救他们的女头领薇达，并叫他先带幸存的同伴回去疗伤。到达洞的最深处，发现薇达晕倒在地，这时冰山的主人蓝魔神现身了，蓝魔神听闻撒旦大人如此重视赛特，也想见识一下赛特到底有何厉害之处，并承诺如果赛特能打赢她就施法解除阿拉伯人身上的冰咒。
打倒蓝魔神后（用火系魔法对付效果很好），众阿拉伯人身上的冰咒也解开了，薇达也醒了过来，但是薇达却认为赛特是同蓝魔神一伙的，天真的妮可非常不高兴，又突然一个闪电把薇达电晕了过去，赛特见状大怒，狠狠的教训了妮可一顿并把她赶回了小岛。小妮可回到移动岛后向石像哭诉，石像们误以为赛特见异思迁，大怒之下再次协同发功，又从火山里弄出一个更大的火球，一下子就把冰山狠狠的击沉了。在冰山这一边，赛特正向薇达解释，忽然发现冰山正在慢慢下沉，于是两人拼命逃离冰山，回到了移动岛。
薇达很感谢赛特的救命之恩，也懊悔错怪了赛特，赛特反而邀请他们到城堡里歇一歇。到后花园问罪的同时，蓝魔神突然出现，大怒石像击毁了她的冰山，接着附身在薇达身上，于是一场恶战又开始了。打倒蓝魔神后，她化作水躲在池塘里，众石像作法把蓝魔神冻在了池塘里，但小岛再也移动不了。碰巧薇达的船也是回阿拉伯的，于是赛特一伙只好与薇达同行，从此展开了他的阿拉伯之旅……移动岛篇完。
阿拉伯篇
船在海上漂泊了几天，终于到了阿拉伯的海港贝鲁特，因为伊斯兰的两大家族正在进行势力之争，为避免不必要的麻烦，细心的薇达吩咐众部下两人一组进入大马士革，而薇达就带赛特去见阿拉伯智者肯迪。在进入大马士革之前，可以先到下方的叙利亚森林救落难的王子祖旺，然后进入大马士革与一些人对话后就可以在拍卖场发生拍卖事件，而祖旺就会赶过来救下辜露公主（赛特会获得神驼鞋）；在珠宝商的家里，可以为三名女人解决珠宝的分配问题，答案是9、6、2，答对后获得熏衣草；在阿里的家里发生阿里请求你帮他看家的任务（我选择了偷他的宝物，呵呵），如果安分守己的话最终会获得任意挑选一个宝箱的奖励；在商人安萨里拉齐那里可以买到中国剑（街上胖胖那个，多对话几次），之后可以在长安炼成神兵利器鱼肠剑。在完成这些分支剧情后（不影响游戏结局），从占卜师那里知道近来阿拉伯的智者肯迪古古怪怪的，正好赛特要去肯迪那里学习知识，于是两人便出发前往肯迪之家。
离开大马士革后，向下走，过了桥，穿过叙利亚森林，往右上走就可以到达肯迪的家。肯迪告诉来访的赛特和薇达，说肯迪老师因患风寒不便见客，但是薇达不理，闯了进去，发现一个小老头模样的家伙自称是肯迪，但这又怎能满得过两人，原来肯迪老师已经去世，因为肯迪老师家里收藏了一张非常重要的地图，为免被当权的欧马亚家族抢去，小肯迪只好装扮成爷爷的模样，希望能够骗过欧马亚家族的人。因为小肯迪长年跟随爷爷，所以学识也非常丰富，于是赛特便决定留下来跟小智者学习。
一天，小肯迪出门取书。欧马亚家族的人闯进来抢走了那张地图。小肯迪回来后告诉赛特这张地图是关于一个被封印的恶魔的，欧马亚家族的人想利用这张地图，把恶魔放出来，以扭转欧马亚家族的劣势。于是赛特便和小肯迪去沙漠废墟，想阻止他们的阴谋。
到达废墟后，赛特用计让墓外的两名守卫自相残杀（赛特的魔性渐渐显露出来了……），入内后还是被欧马亚家族的麦尔丹发现了。麦尔丹威胁两人替他们打开机关。第二个机关是关于星相学的十二星相的，只要细心听小肯迪的解说，要解开并不难，解法是这样的，从左到右分别是水火地风、水火地风、水火地风，只要依次按下相同属性的星座图案就可以开中间的门，然后进入里面依次开了四个房间的开关就可以把房子中间的门打开，里面的四个房子有不少的好东西，还有可以从阿坦这种怪物身上偷到敏捷度+5的飞翔魔油（给妮可装备上神偷面具），进入下一个地点，麦尔丹他们又遇到了最后一个机关，小肯迪看过他爷爷刻在石碑上的字后，知道了这个所谓的恶魔不但不凶恶，还是个十分可爱的妖魔，于是便开了第三个开关。众人入得墓来，却发现空无一物，赛特在石棺前一按，出来了一个成熟、性感的女妖怪“卡玛”和一只会飞的猫“安卡 ”。原来卡玛是一个一直在人间寻找真爱的女妖怪，当她找到真爱之时，便会和心爱之人在一起，陪他慢慢的变老、死去，然后又悲伤地为他守侯几十年……直到再找到另一个真爱。当年塔德莫尔人不服欧马亚家族的统治，于是麦尔丹便出兵屠城，卡玛心爱之人正是死于这场灾难中。于是卡玛一怒之下，杀了数千名欧马亚军队，后来麦尔丹请来了老肯迪要把卡玛封印。可是老肯迪只是和卡玛约定而已，并没有把她封印。卡玛喜见小肯迪，自是高兴万分，但当知道肯迪老师已经逝世，又悲伤不已。在知道了眼前的麦尔丹正是当年带兵屠城的头领之后，卡玛带着赛特一伙离开古墓，把麦尔丹一伙关在了里面，让他们慢慢的等着变木乃伊。出到外面，卡玛表示要跟着赛特，但是妮可不允许（吃醋吧，呵呵），于是两人便吵了起来，这时候旁边有个鬼猴王像告诉卡玛不能跟着赛特，原来鬼猴王也是撒旦的手下，一番恶斗后，终于打倒了鬼猴王。而妮可也和卡玛达成了协议，一起跟着赛特。
众人在回去的路上，发现沙漠里一片血红。因为装死而逃过劫难的莫雷告诉大家，原来这里刚发生一场大战，薇达的部队大胜之后，突然出现一个骷髅恶魔，把所有的士兵杀死，关键时刻出现了一位英勇的“英雄”把恶魔杀退，更跳进了恶魔布下的六芒星阵追杀恶魔，薇达也跟了进去。于是赛特放心不下，也决定进去探个究竟，好奇的小肯迪不听赛特的劝告也跟了进去。
赛特一路探索，在迷宫尽头又发现了邪恶的传教士康那里士，原来这家伙还没死，而这个叫“恐惧地狱”的地方正是康那里士的老巢，他就是恐惧之王！赛特正要上前杀死恐惧之王，却被机关关了起来。众人想尽办法都破坏不了牢房，赛特一怒之下又引发了自身的“穿越时空”的能力，于是又回到过去，看见了受伤卧床的莉莲，莉莲感觉到自己不久于人世，于是就请求赛特转告麦尔斯，说她一直都喜欢麦尔斯，会在天国里守护着他！这时候康那里世出现了，抢走了莉莲，并把从未来来的赛特轰回了现在… …赛特醒来的时候，发现众人还是被关在牢房里，这时候薇达误打正着的闯到牢房外，救了众人。离开牢房后，沿路下去，在最下面的地方走右边，便可以到达地狱商店街，买些装备，睡个好觉后就可以上去打恐惧之王了。往上走会碰到薇达所说的“英雄”，原来他就是麦尔斯，救醒他后，康那里士出场了，他非常愤怒，因为赛特又一次破坏了他的“仪式”，于是一场大战又开始了。打败他及他的原形之后，他便会逃跑，并留下了六芒星阵，从六芒星阵离开，回到大马士革的清真寺，这时两大家族的势力之争已经接近尾声，一行人便前往大马士革的伊斯兰皇宫，准备为阿拔斯家族出一分力。
大家到了皇宫，这时候一个士兵跑过来告诉薇达，就在欧玛亚家族快要落败的时候，一个“唐国”的人带着一个机关兽闯进来，杀死了很多士兵。众人一路追寻下去，在走廊里发现了一个唐朝来的僧人“慧彦”，正在查看死去的士兵，薇达误会了僧人，僧人正在解释的时候，前面出现一个机关兽，打败它之后，众人追了上去，发现了真正的凶手，原来是唐朝来的“黄雷”。众人合力打败了黄雷的机关兽，却让黄雷逃跑了，一路追寻下去，终于抓住了黄雷，薇达正要杀他，麦尔斯上前阻拦，原来自莉莲死后，麦尔斯不再相信上帝，更欲在世上建立自己的强权……黄雷见机又逃跑了，薇达众人追捕未果，麦尔斯发誓要反抗上帝，建立自己的强权，并说自己一定能找到黄雷，然后便离去了。
众人也因为各自的事纷纷离开了。小肯迪邀请慧彦大师到其家中作客，想向慧彦大师请教大唐国的知识。这段时间，赛特也向慧彦大师学习中国武术和中国话……不经不觉间，赛特已经离开法兰克一年了，寻找了一年的所谓“战争的不败之法”未果，于是便决定跟慧彦大师到中国去，学习更深奥的“王道精神”。在离开之前，薇达不想赛特离开，因为一离开就可能再也没有见面的机会了，于是便想用武力把赛特留下来，但又怎敌赛特？薇达哭哭啼啼的离去……小肯迪也想跟两人到中国去见识一下，但赛特始终没有答应，但承诺等他办完事之后会回来找他们。于是，赛特便跟着慧彦大师，踏上了通往中国的丝绸之路……阿拉伯篇完。
赛特在慧彦的带领下，穿过漫漫的黄沙，终于踏入了中国的西域。前面就是巴格达城，慧彦建议先进去补充一些水与粮食。
在城门的旅店遇到一名中国女子，原来是慧彦的师弟慧荣的侄孙女陈瑞莲嫁到异国他乡来了。从她口中得知，石国王子“达恩”正在四处招募勇士。原来唐国之前派使者到石国，并使诈取了石国国王的性命，然后大举进攻石国，石国王子一人逃了出来，身怀国仇家恨的王子便向伊斯兰求助，并暂住在巴格达，四处招募勇士侍机复国报仇。赛特和慧彦来到军营，却被守卫拦在了外面，原来达恩王子正在招待一名最强的勇士，没空接见。
门口的守卫告诉赛特，叫赛特两人等一下再来。玩家可以在这段时间四处走走，在一个营房里碰见一个丢了弯刀的士兵，士兵会请求赛特替他去买一把弯刀，然后便给了赛特200元，到城门附近可以找到一把弯刀，也可以直接到商人处购买（分支任务）。五分钟过后，赛特两人回到了军营，入内之后，另一名士兵又说，石国王子只会逐个接见，除非赛特能去东面的山洞取得“暗黑修罗帖”，于是赛特两人只好出发去取贴。进入山洞往右走，很快就可以看到一个发光的箱子，打败里面的妖魔便可以取得“暗黑修罗帖”。赛特回去把修罗帖一亮，那士兵自是慌慌张张的跑进去通告，很快，石国王子出来迎接了。石国王子看到取帖的居然是两个貌不惊人的家伙，便不太相信，要试一试赛特的身手。赛特和慧彦不费吹灰之力就扳倒了四名士兵，石国王子终于相信两人的厉害。这时石国王子之前招待的“最强勇士”出来了，原来是麦尔斯！石国王子得知赛特与麦尔斯同是法兰克骑士之后，欣然邀请赛特和慧彦入内。
麦尔斯将石国被灭的经过一五一十的说了出来，石国王子想到伤心处，自是悲愤万分，发誓非报仇不可。慧彦苦心劝阻，怎奈石国王子正有心悔过之时，麦尔斯从中挑拨，使得石国王子报仇之心更坚定。慧彦见石国王子不听劝告，为免起更大的杀戮，便决定亲自去找唐军的主将“高仙芝”，希望 能够劝说唐军退兵。麦尔斯怕慧彦给唐军通风报信，于是就叫石国王子把两人拿下。慧彦见事态紧急，便叫赛特一人留下对付他们，自己先赶去劝说唐军。赛特自是信心百倍的参战，谁知麦尔斯不知从哪学来了一招黑暗魔法，一下子便把赛特打翻在地。
赛特醒来的时候，发现自己身处沙漠绿洲里，而慧彦就在旁边，石国王子也在！原来慧彦走后不久，见赛特久未追上来，怕其遭不测，便折返回去，发现赛特被打晕在地，于是偷偷摸进帐篷，胁持了石国王子，把赛特救了回来。但如此一来，石国王子对两人的误会就更深了。这时走来两名阿拉伯商人，从他们口中得知，前面出现了石国的幻象。慧彦告诉赛特，这是一只叫做“蜃”的沙漠妖怪作的法。石国王子自是跑了过去，赛特两人也跟了进去。进入幻象石国后，一直往前走，在尽头发现一名唐朝士兵，原来这名唐军是安西节度使高仙芝的手下“段秀宝”。段秀宝告知慧彦大师说，这里的景象与前段时间他们消灭的石国一模一样。慧彦想起之前石国王子所说，唐军来袭时他躲在水井里才得以逃过大劫难。于是众人便潜入水井，寻找石国王子的下落（漂在水面的箱子有魔晶矿C）。
在水井的尽头发现了石国王子，可能是他又看到了当日唐军屠杀自己国民的惨状，所以失魂落魄、痛哭不已。段秀宝一听说是亡国的王子，便想抓回去处死，慧彦又苦心劝阻，并责备唐军不应该使诈，段秀宝想了想，也觉的当时那一仗打得实在窝囊，心里总感到不好受，于是便听从慧彦的劝告，答应和他们一起去劝说高仙芝。这时候，墙壁突然被撞破，黄雷闯了进来，大声指责段秀宝私通敌人，慧彦打量几下，看出此人并不是黄雷，而是专门在沙漠制造幻象的“蜃楼王”。蜃楼王大怒，便与众人打了起来。众人合力很快就打败了蜃楼王，蜃楼王离开前说刚才为了布这个石国幻象而耗费了太多的法力，所以才会输给了众人，并警告众人小心他下次更厉害的幻象。
蜃楼王离开后，石国亦消失了。众人在段秀宝的带领下，向中国西域出发。一行人到达恒罗斯峡谷，发现唐军已经在此布阵。原来这是由黄雷率领的先头部队，急行军至此布阵，想在这峡谷把来敌歼灭，而唐朝大军正紧跟在后面。另一方面，由于阿拉伯（黑衣大食）不满上次唐国人黄雷的干涉，便借帮助石国王子为名出兵中国西域。段秀宝先进军营通报，半响之后出来了，说黄雷大人想请慧彦入内详谈。此时麦尔斯忽然出现了，后面还跟了一个老打不死的康那里士。石国王子自是欣喜万分，叫麦尔斯赶快救他，麦尔斯摆出一副皇者的架势，更说自己就是撒旦，现在那“伟大的灵魂”终于觉醒了，而赛特正是几万年前和他一起并肩作战、对抗天庭的好搭档。赛特当然不信，麦尔斯便把妮可召唤出来，向赛特证实了自己的身份，更说唐朝军队在此埋伏正是他透露了大食军队行踪的缘故。麦尔斯离开之前，说自己好怀念过去和赛特一起作战的日子，会等待赛特灵魂觉醒的那一天，然后他们又可以并肩作战，一起反抗天庭，征服天、人、魔三界。
麦尔斯和康那里士走后，赛特不放心慧彦一人去见黄雷，便与其同行。入得帐来，慧彦又苦心述说黄雷等人灭石国手法的不对，那黄雷自是不听，更招出自己新发明的机关兽对付众人。众人合力打倒机关兽之后，黄雷大怒，下令格杀赛特等人，慧彦不忍心杀害同胞，只好叫赛特等人后撤。在往回逃的路上，碰见了杀过来的大食军队，此时黄雷的部队也追了上来，终于两军交战。慧彦只好带领众人往山上逃去。众人上得山来，慧彦想以自己一人之力去分开两军，吩咐赛特好好把石国王子带到安全的地方之后就冲了下去。因为两军的士兵不是很多，赛特也放心慧彦能够应付得来，于是就带着石国王子往山顶上逃（注意途中有些路是要撬下石快才能开通的）。上到山顶不久，慧彦大师也用轻功跳了上来，原来两军的士兵越来越多，高仙芝的主力部队也跟了上来，黑衣大食的军队也源源不断地冲杀过来，大战已开，慧彦再也不能凭一人之力分开两军。
战局本来是有利于唐朝军队的，可是西域各小国不满唐朝灭石国的手法，于是纷纷进攻高仙芝的后援部队，形势一下大变。唐国兵败如山倒，高仙芝看情况不对，便下令撤退，大食军团亦想借此机会一举进攻大唐。慧彦大师不忍心看到大唐人民饱受战乱之苦，也为了阻止更大的杀戮，便决定下山施展生平绝学、大开杀戒，让大食军队知道大唐厉害人物甚多，不敢轻易前进一步！赛特自知慧彦大师此去必定凶多吉少，但大师心意已定。慧彦离开之前再次提醒赛特别忘了继续到东方寻求“王道精神”，说完便下了山，众人当然留他不住。
大食军队很快控制了大局。此时，突然跑上来一群大食士兵，而他们的首领进竟然是薇达。薇达为了救赛特，只好叫赛特扮作俘虏，随她下山。下得山来，恩师已经惨死，赛特自是悲伤不已，回想一年多来和恩师的一朝一夕，如今已成隔世人，不由痛哭。
安排好一切后事，赛特正要起程前往大唐，薇达突然改变初衷，想用武力把赛特留在自己身边，妮可等人正在争执中，赛特突然感到头痛得要炸开似的，然后便晕了过去。
醒来的时候，赛特发现已经是五年之后了，自己更成了阿拉伯帝国里权力仅次于哈里法的巴格达长官埃米尔，薇达也成了自己的妻子并且两人相亲相爱五年，赛特不太相信所发生的一切，薇达便说这是赛特的间歇性失忆症又发作的缘故，并催促赛特赶快去会见法兰克国王，赛特坚持要穿上五年前的衣服才肯出去，薇达只好顺从他。在走廊里，碰到了移动岛上的四尊石像，原来是五年前赛特把他们从移动岛搬到这里来，做为结婚礼物送给了薇达。在客厅里，当法兰克国王进来的时候，赛特发现法兰克国王竟然是已经变成撒旦的麦尔斯，麦尔斯更表示这五年来赛特一直与他并肩作战、东征西讨，已经把欧洲统一了，而现在来访正是为了一起出兵大唐、统一世界之事。
无可奈何赛特只好领军出征，途经恩师惨死之地怛罗斯时，竟然发现恩师慧彦还在！众阿拉伯士兵一见五年前就让他们闻风丧胆的“唐国战神”，就纷纷逃去，然后阿拉伯军队里都传言这是阿拉真神让战神下界来惩罚他们，于是阵脚大乱，纷纷逃散。赛特见到恩师，在听了恩师的一番道理之后，十分懊悔这五年来自己的所做所为，最后决定实践自己的诺言，继续前往大唐寻求“王道精神”。麦尔斯和薇达众人只好看着赛特离去。
离开恒罗斯之后，慧彦大师叫赛特先到天山找一位仙人，赛特听了慧彦的解释之后，依言而行。在去天山的途中（在天山石门右边寻得太皇刀之蓝牙），黄雷、康那里士、妮可、薇达四人先后出来阻止，但赛特心意已决，谁都阻拦不了他的大唐之行（在山洞可寻得暗杀宝录、魔晶矿D、机关图一）。最后终于到达了天山，见到了慧彦所说的仙人，原来就是鼎鼎有名的轩辕剑仙！轩辕剑仙一见赛特，掐指一算，知道赛特又有另外一个大麻烦。众人出门一看，原来是麦尔斯追了上来，更要与赛特决战，最终落得两败俱伤。轩辕剑仙见时机成熟，便施法使众人回到了当天的沙漠，而麦尔斯亦变成了蜃楼王！原来一切都是蜃楼王搞的鬼，这五年来的经历都是蜃楼王的幻象，赛特等人被蜃楼王困在了虚幻世界五年，慧彦大师的魂魄不忍心看到赛特继续堕落下去，只好求助于轩辕剑仙。众人在听了轩辕剑仙的解释后，终于明白了事情的来由。最后蜃楼王也被轩辕剑仙收入了炼妖壶。之后，轩辕剑仙表示要带赛特去见一个重要的人。轩辕剑仙又作法使众人回到了天山，赛特跟着轩辕剑仙到了剑室，发现慧彦还在，赛特又想起当日恩师的惨死，不禁悲从中来。慧彦告诉赛特，他将使用他的前世之一“李靖”来继续协助赛特此次大唐之行，并希望能够拯救大唐灭亡的命运。
赛特出外与妮可、卡玛等人汇合，在道别薇达之后，又踏上了前往大唐之路… …中国西域篇完。
中国大唐篇
赛特一行人长途跋涉，历经千辛万苦，终于来到了大唐的首都长安。天子脚下，明德门前，大唐士兵威风凛凛，大唐子民友善好客。李靖让赛特先去找慧彦生前的好友，当朝大学士白连仪。
一行人来到白连仪的府上，见到了慧彦生前好友白连仪大人。赛特把自己的来由大概地说了，白连仪听说好友慧彦惨死，自是吁嘘不已，忧心忡忡。白连仪听说赛特到大唐来是求学来的，当然很乐意地让赛特住了下来。一连几日，赛特专心学习大唐文化，白连仪不住地称赞赛特如此好学，赛特突然想起要把慧彦的舍利子送回少林，原来这几日专心向学，差点忘了慧彦大师的魂魄交代的事。在白连仪的提示下，赛特到了少林（地图东南方），只遇见了悟缘一人，原来其他武僧都下山追查邪教的事了。赛特说明来意之后，悟缘便告诉赛特要上少林必须先走木人巷（在木人巷的十字路口走右边比较容易，而且宝物也不少），出得木人巷，悟缘知道了赛特的厉害之后，也变的比较老实起来。把舍利子交给悟缘之后，悟缘便要下山到洛阳为铲除邪教尽力，赛特也想跟去，以便路上有个照应。
两人赶到洛阳，悟缘告诉赛特，最近他正在跟踪一个名叫“黑血狗黄八”的邪教教徒，而此人时常出入洛阳的怡春院，赛特进入怡春院调查（洛阳的松韵居左边可得法宝鼠槌，虽然威力不大，不过挺有意思的），从老板娘那里了解到黄八已经去了长安的西市，于是赛特只好返回长安。在长安西市发生了命案，凶手黄八已经逃往旧长安废墟，于是两人便前往旧长安废墟（之前可到悦来客栈仔细搜搜，能拿到不少物品）。
进到废墟，突然有一神秘女子闯了进来，然后又消失了。两人很容易就在迷宫里找到了黄八（迷宫并不复杂，物品、法宝又多，最好充分利用灵界指标，把迷宫搜刮完），而刚才那位神秘女子也遇到了麻烦。打倒黄八后，赛特放心不下刚才那位女子，便决定继续在迷宫寻找她（在一土墙的彩石上可得姜公胆）。进入里面，终于见到了那位女子，可是那位女子却误把赛特当作了黑坛教徒，所以又吓跑了，赛特只好继续寻找。在一处奇怪的石壁前发现了那位女子（回到两根灰色石柱处后往上走便可找到），原来这位神秘女子是长安王大善人的女儿王思月，一个外国传教士骗走了她爹娘很多钱，她是跟踪那位可疑的传教士来到这里的。根据悟缘的提示，在迷宫里找到硝石、硫磺、炭粉、竹筒，然后拿到长安西市杂货铺给老古做成炸药。
回来把山壁炸开，进去才发现原来里面别有洞天，而此时王思月也跟了进来。赛特等人进入前面的山洞，竟然看见了康那里士，原来康那里士就是王思月所说的那位外国传教士。康那里士用人骨建造了一个佛教象征天界的曼陀罗阵，康那里士更说这个反曼陀罗阵也是赛特发明的。此时悟缘经受不了恐惧，被恐惧之王康那里士控制，变成了一个妖怪向众人进攻，而康那里士却乘机溜走了。打败怪物后，悟缘变的痴痴呆呆的，王思月便建议先到她家避一避再想办法。
众人来到王思月家，碰上了慧荣师父，慧荣师父施法解了悟缘的惊吓症。是夜，悟缘便把事情的经过一五一十的告诉了慧荣师父，慧荣听到同门师兄慧荣惨死之后，悲伤不已，不由责骂起当今朝廷奸臣，众人又讨论起国家大事来……王思月坐不住，便邀赛特出去透透气。
院子里，王思月利用中国的诗词向赛特表白了自己的爱慕之心，因为赛特的中文学得并不精通，所以并不是十分明了王思月的心事，但也隐隐约约猜到些许……此时，黄雷突然出现，更带来了另一个更厉害的机关兽。众人合力打败机关兽之后，黄雷不服气，引爆了他的新发明——军用炸药，把王家炸塌了，王大善人惨死，王思月由于跑出观战而逃过此劫。王家被炸毁，王思月已无处安身，赛特便带她到白莲仪家暂住。
白莲仪听说王家惨遭黄雷迫害之后，十分同情，便叫仆人把王姑娘安顿好，更答应明天到宫里查一查。第二天两人到朱雀门前一问，原来皇帝正在骊山为安禄山开欢送会。来到骊山，白连仪进去探听消息，叫赛特先四处逛逛。从左边的小路进去，赛特发现了一个妖人正在作法，原来此人正是黑坛教主两丹子，他正在布阵作法诅咒当今皇上。两丹子发现赛特身上有炼妖壶之后便想抢夺，于是双方便打斗起来。打败两丹子后 ,才发现两丹子使用了纸人替身术，而其真身早已逃脱。李靖从两丹子的符咒上发现其竟然借用了撒旦的力量。原撒旦已经把中国的一些魔怪势力联合在一起，而黑坛教当然也是其中之一。打败两丹子后，从上方的小路便可进入皇帝的酒会。皇帝听说赛特也是来求学之人后，十分客气，并赐座同欢。酒会上赛特认识了一个倭国（日本）来的求学者林明。两人谈吐间甚是投机，原来林明也是来寻求王道精神的……宴会完后，两人商议起安禄山之事，赛特才知道黄雷就躲在安家。
第二天，林明来找赛特，一番对话之后两人决定去找安禄山。来到东平郡王府，两人见守卫森严，于是便另作打算。分手之后，悟缘急急忙忙跑来告诉赛特，王姑娘被闯进来的一批黑衣人抢走了，原来是黑坛教主两丹子搞的鬼，想用挟持王姑娘来换取炼妖壶。
在黑坛教门前，碰到专与黑坛教作对的大侠张客，原来张客也是来找两丹子的，于是众人便一起进去救人。在一楼寻得圆珠，二楼寻得天扇、太极图（左边墙角隐蔽处）后便可以打开通往三楼的开关；四楼必须通过摇签来获得两张控尸符，然后控制两个机关兽压在两个圆形开关上才可以到达塔顶。
塔顶上，两丹子不知对王思施用了什么邪法，使其变得厉害无比，怎么也打不死（先撑一阵子张客便会唤卷毛狮用狮子吼破此邪法）。驱散附在王思月身上的邪灵后，便要与两丹子作战了。打败两丹子并把他收入了炼妖壶，本来自壶中仙离开之后，炼妖壶已不能收人的，想不到两丹子近邪太久，已经变得半人半妖，所以能被收入壶中。慧荣和张客在知道东平郡王府有安禄山造反的证据后，便决定先行一步前去调查，而赛特则带王思月回白家。回到白家，发现林明已经恭候多时，原来林明已经查出东平郡王府夜里守卫松懈，于是两人便约定夜间行动。
入得东平郡王府，只见遍地珠宝，安禄山果然富可敌国。在左边发现了荣义郡主，荣义郡主告诉两人，黄雷在房子四处布下了不少机关，要多加小心。众人通过墙壁上的画和盔甲机关，上到三楼，发现慧荣和张客已经变成了石像，原来他们的行踪早已暴露，而这似乎又是一个圈套。果然，赛特在耗费所有的体力、灵力救醒他们后，康那里士出现了。在打败他后，按照慧荣的提示，在安禄山家里找出了军令书（王府四楼，即四个机关的右边）和起兵计划书（南厢房，其他房间还有不少的物品），众人终于发现了黄雷的住所。黄雷正在专心研究一个非常深奥的科学问题（相对论？），所以误把众人认做下人了，无论赛特怎么叫他都没反应，只是一个劲的吩咐下人别打扰他想问题。赛特在黄雷的房间里发现了一个秘道，众人穿过隧道来到了皇宫（另一边王思月也找到了黄雷的房间，并趁黄雷不注意报了杀父之仇），只见皇帝身边的红人杨国忠正坐在皇位上大呼小应的过了一把皇帝瘾，皇帝突然回来了，杨国忠慌慌张张下去迎接皇上。赛特等人一见皇上，便走出来，把安禄山谋反之事一五一十的告诉了皇上，并把证物递了上去，那杨国忠心坏鬼胎，一个劲的从中作梗，并污蔑赛特等人是刺客，慧荣只好以死谏国，赛特见杨国忠逼死了慧彦，大怒，正想上前杀之泄愤。此时突然冲出一个家伙，原来正是撒旦麦尔斯！两人一场恶斗，赛特终于毁坏了撒旦的肉身，但自己也奄奄一息，赛特知道自己生无多时，吩咐好一切后事之后就死去了……
白云苍驹，岁月悠悠，转眼间五年过去。赛特的灵魂四处漂泊，一日来到江边，见一人长立江头，仙风道骨，缓缓吟唱，忧愁百结。赛特便上前询问，原来正是大唐诗人李白，两人谈吐间，李白便邀请赛特入草房饮酒。入得房来，李白见和赛特甚是有缘，便送了一把轩辕剑给他。轩辕剑？赛特听起来有似曾相识的感觉，恍恍惚惚间便回到天山，见到了轩辕剑仙。原来自赛特与撒旦麦尔斯一战，死后其灵魂四处漂泊，五年来轩辕剑仙一直在召唤赛特的灵魂，只有赛特想起轩辕剑才能把他召回天山。
轩辕剑仙告诉赛特，撒旦本来是天界的天使，因为不满孪生兄弟米迦勒被封为天使长，顿生嫉妒之心，便召集旧友一起反抗天庭，而赛特正是撒旦最好的拍档，当时赛特还差一点就完成了最厉害的反曼陀罗阵，而赛特穿越时空的能力正是启动了其中一部分功能后获得的。此时撒旦的反曼陀罗阵已经完成，大唐也自安史之乱后，逐渐衰败。为了阻止撒旦的阴谋，天界便特别允许赛特重新塑造肉体，前去大唐，而此行更有轩辕剑仙陪同。赛特获知卡玛还在天山，而妮可自五年前赛特死后就一直在寻找其灵魂，王思月也和张客结为夫妻，并组成义军对抗反贼。在天山找到卡玛后，便可以通过右边的传送点直接前往长安白连仪之家（在离开之前可到轩辕剑童处把十七把封印之剑交给他，便可以挑战比撒旦还厉害的隐藏BOSS蚩尤）。赛特等人来到白连仪府上，发现白连仪已经逝世，赛特睹物思人，不免黯然，想起白大人一生清苦、全心为国，却落得如此下场……可是撒旦之事未曾完结，于是便速速前往旧长安废墟破坏撒旦的反曼陀罗阵。
来到废墟，发现康那里士很诡异的出来迎接众人，并说了一些奇怪的话后就离去了，轩辕剑仙便叫赛特小心康那里士的诡计。赛特等人进入以前的山洞，正要上前，却发现康那里士引来了一个和赛特一模一样的人，原来是撒旦借赛特的肉身复活了，而接撒旦回来的正是妮可，妮可知道上当之后，很后悔，也很激动，因为她找了五年，现在终于找到了赛特，并且赛特还复活了。原来撒旦想利用赛特的肉身获得启动反曼陀罗阵的方法，而只要此阵一启动，撒旦就会获得无穷的力量。赛特当然不会让撒旦得逞，便和他打了起来。一番苦斗之后，终于又毁坏了撒旦的肉身，但是撒旦已经从赛特的肉身上获得启动之法，于是躲进山洞，准备启动反曼陀罗阵。轩辕剑仙此时现身，告诉赛特，撒旦已经恢复本体，变的更厉害，现在就把轩辕剑开封，让赛特装备在身上，对付撒旦……提示：最好在每位角色都升到50多级（最高是60级）后才打撒旦，并到洛阳准备充足的补生命、灵力和复活的药。
……