一、人间狩猎
“不好了，人间狩猎部队要来马多镇了!”
“别担心，有强悍的4个雇佣兵来守卫镇子，不会有事的。”
马多镇里两个老人的话音刚落，几个强壮的年轻人就进了镇子，他们分别是“隼之弗艾伊”、“铁之男”阿帕奇、“暴走吉普”的加西亚和“不死女战神”玛利亚，玛利亚的身边还带着一个少年，他就是我们的主角。能够自由行动之后，和酒吧里包括老人和吧台招待的每个人都交谈一次，然后和玛利亚交谈，会发生加西亚因看不起女人而被玛利亚痛扁的事件，不过这段不愉快的插曲还没结束，人间狩猎部队开到了，四人立即投入战斗，前驱部队只是一些普通的士兵和装甲战车，在四个传说之雇佣兵的面前如同草芥，但两批士兵被灭之后，四人赫然发现这次攻击竟然是由掠夺者四天王之首的泰德布罗拉率领的，只见泰德布罗拉举起双手狂喷火焰，四人先后支持不住而倒下，只剩下玛利亚一人，这时泰德布罗拉忽然那掉转枪口，将火焰喷射器对准了年轻的主角，玛利亚为了保护主角，奋不顾身单枪匹马和泰德布罗拉搏斗，虽然她知道这意味她生命的尽头……
二、小狗战士和机械师
我们的主角逐渐恢复了意识，发现自己正躺在一张床上，旁边的小男孩卡鲁给他讲述了玛利亚倒下以后发生的事情：泰德布罗拉将四个雇佣兵里唯一残存一口气的加西亚运上了卡车离开了，而卡鲁则忽然发现主角仍有呼吸，于是赶紧把他带回了家。主角得知这里是马多镇的老机械师纳伊鲁的家，而眼前的小男孩卡鲁和小女孩伊里特是他的孙子和孙女，临走时他们还给了主角一个BS控制器(地图，同时具有其他各类辅助功能)
下楼之后，刚想感谢一下老修理工纳伊鲁，忽然发现他的修理铺内停着加西亚的那辆吉普战车，但从门口的人口中得知，纳伊鲁为了修复战车而去厄尔尼诺买零件了，所以暂时还无法使用，无奈只得步行去厄尔尼诺镇。去厄尔尼诺的路上，在沙地里会看到1号赏金首砂鲛，不要和它接触，等拿了战车再来和它交战。
在马多镇可以稍微买些回复道具，不过被打死也没关系，会被立即送回马多复活，并且游戏一开始最好死满5次以上，因为这样的话就可以让进行复活实验的明奇博士住进研究室，研究室内冰箱里有滑溜溜细胞，拿到以后记得存到物品保管处(战车中心右上角)，这是获得No.5战车的必要道具。
来到厄尔尼诺镇，进门就看到机械师被关在监狱里面，要救出他还得费番工夫，首先去INN和床边人对话，得知2楼有人被关押，然后与INN内右边士兵对话后发生战斗(事先最好乘租借战车出去赚些钱买装备)，胜利最后推开士兵上2楼，与监狱里那个穿黄衣服的商人对话，再与旁边那个睡着的士兵对话，获得禁闭室钥匙，用它打开牢房后再次与商人对话，她就会离开。去人类装备店推开油筒走地道见到反抗组织首领金牙，可以获得反抗组织的证明金假牙。至此仍不能救出机械师，要过桥去下水管理局见银牙才行(必须带着禁闭室钥匙和金假牙)。
接下来就可以回马多取战车了(可以用时空传送器过去)，在战车中心与纳伊鲁对话即可，给战车取个好名字吧，然后开着战车就上路了。下水管理局在厄尔尼诺西面的大桥对面，在过桥的时候会发生与掠夺者士兵的战斗。过桥之后先往西南面走(可以先往东北去码头镇买点装备什么的)，会看到一个小屋，里面有很多小狗，这是小狗村，与红色的那只对话就可以让它加入，这是唯一能装备武器防具和升级的小狗。然后再去大桥西北一点的那个小屋，那就是下水管理局，注意下水道内会遇敌，并且有一段路要下战车，进下水道后走左边的路，一直往下就可以见到老头金牙，身上有禁闭室钥匙和金假牙的情况下与他对话，就会直接带着主角回厄尔尼诺镇救出机械师，伙伴又增加了!不过……战车还留在下水道里面呢= =
三、四天王登场
给新加入的机械师租一辆战车，从码头镇乘船可以去海北岸的德尔塔，不过你能做的也只是买装备而已，镇子的其他地方是去不了的。码头左上屋子2楼拦路小狗可以用狗粮让它让开，再下到地下室会发现一个倒在地上的人，谈话叫醒他就可以让他回勇士中心，这也是13号赏金首的出现条件。
出码头镇往北有两条路，正北有个隧道，西北有个镇子阿芝莎，两边都有战车可拿。
先去阿芝莎镇，然后沿镇子往北一直走会来到渴望酒吧，里面有舞女二姐妹，与左边的舞女谈话，她会让你猜她是两姐妹中的温蒂还是莉莎，猜对的话，她一样会把你推出来，但这次就可以和吧台前的司仪对话，再坐到中间桌子左边的椅子上，就可以看表演，看完表演后13号通缉犯就跑了，然后再和刚才的舞女对话，她就会带你上2楼。注意，如果之前没有满足13号通缉犯之前的条件，13号通缉犯不会出现，也不能看到表演。出渴望酒吧，在东南面的地下埋藏着2号战车，具体位置见“埋藏道具”页面。(渴望酒吧有个隐藏商店，从右边墙壁走到右上角柜台边，会有人走出来卖战车装备)
拿到战车以后继续往北走，会看到一个大楼，刚一进去就会掉下一具尸体，这就是第三个同伴- -bbb，不过暂时还不会加入。拖着尸体去马多见明奇，把她复活之后她会跑掉，在马多左上角的坟墓可以看到她，再次对话的话她又会离开。不过那个大楼暂时不用去打，先拿另一部战车再说。
去道具店买个“修理箱”，然后去阿芝莎东面的那个隧道，与站在一个机器旁边的男人比特对话，得知他的挖掘机坏了，把修理箱给他以后，出隧道回阿芝莎，然后再去隧道(反正必须进出镇子切换屏幕才行)，会发现机器修好了，正在推下面的墙，但还是挖不通，与两人对话后往回走，这时一个人会跑上来请你帮忙，只要对着挖掘机按住下就可以了。出隧道会来到巴扎斯卡，巴扎斯卡左上角的房子里有个战车部件改造工，和2楼的男子谈话，就可以指派这个改造工去任何一个城镇，把他派去马多应该是比较好的选择，在战车中心地下车库的右边就可以找到他并随时可以改造。从巴扎斯卡往北，会来到布拉多博物馆，注意里面会遇敌哦，中间的入口是2楼和更高的楼层，左右入口是1楼。1楼的右上角有个门边墙上有个计算机，调查输入4673就可以打开(密码写在博物馆5F获得的纸片上)，里面有三个升降机，分别降下会得到四号红色战车，这是所有战车中第三强的，可以用到最后。
接下来就要去刚才拣到女战士尸体的抓龙塔了。进去之后打开旁边的几个电脑门，然后下战车乘电梯到5F，打败防御机器和士兵后，从电梯后面左上角的楼梯下去，经过4F走到3F，进通风管道，从右下出口出来之后往上走，下楼梯到2F会看到裂缝，跳下去之后与士兵作战，胜利后打开旁边的电脑门，就可以乘战车去后面的电梯上到9F，9F出来后有间屋子有许多士兵，把电脑前的士兵推开，输密码3374(从5F的小孩口中得知)，然后按OFF关闭防御机器，接下来就是上10F去打No.4通缉犯臭鼬了，由于拥有战车，难度应该不算高，打赢之后，大楼东面的路就畅通了。
※ 码头西面森林里的森林管理局地下可以找到2号赏金首(附录)
四、复仇女神号
来到德尔塔，在酒吧里遇到了女战士，和她说话之后却跑了，来到左侧船坞左下的那个港口，会发生事件，看到一个鲨鱼状的东西游进船坞，回到船坞之后发现女战士在渡海的时候被吞入鱼腹，没说几句又跑了，刚出船坞就发现她的尸体躺在那儿= =。这次复活之后，她就正式加入了。镇子右下方有一个装满矿石的船，里面有个老太婆，对话后得知他叫艾芭，她是个从恶魔岛叛逃的科学家;然后跑去镇门口和白色大厦前的水手对话，他会问你是否知道艾芭，其实他就是通缉犯卡里奥斯特罗;回到船内再和艾芭对话，离开的时候卡里奥斯特罗出现，并将艾芭抓走。这个剧情必须触发，否则不能与卡里奥斯特罗交战。
从德尔塔往北会来到一大片平原，并不时有巴士开来开去，不要靠近，会发生战斗。来到平原左上，看到一个巨大的佛像，佛像的1F一个冰箱前的人可以卖给你金属探测器，用这个去找野巴士吧，位置见“战车一览”。
从德尔塔乘船到以斯拉港，在一个灯塔上遇到了长年和U-鲨鱼作战的哈亚船长，答应他的请求之后，他会离开并告诉我们他在德尔塔等我们，来到以斯拉港的船坞，正好看到他的船起航。去德尔塔的船坞上了船长的“复仇女神号”准备猎杀U-鲨鱼，船长会暂时加入我们，他的战斗力很强，不过小狗要留在岸上。出海之后笔直往下偏南，会来到船长的小岛，岛上可以得到战车装备155mm火箭炮，用这个打U-鲨鱼会更容易些(具体信息见“赏金首”)。打赢之后，船长回到岛上和母亲度过余生，并把他的复仇女神号给了我们，从此之后便可以开船了。
从以斯拉港往东北方向走，走进一个山脉地带，一直来到地图的东北角，会看到一个日本风貌的镇子大神社，大神社的神社内可以得到No.5战车，具体见相关页面。
开船来到德尔塔东面一个天鹅形状的游船，这是天鹅镇，被改造的加西亚就在这里等带着主角的到来。1F左侧楼梯旁有个人挡着去路，B1里的宝箱也拿不到。与2F棚外面的老人对话之后，回1F左侧，那个挡着路的人会问让谁与加西亚决斗，建议选女战士(用BUG可以让三人一起参战，具体见相关页面)，在鹅头部分见到了加西亚，如果是一个人战斗的话会有些难度。获胜之后就可以去B1拿宝箱了，这是全游戏最重要的道具万能钥匙，也就是MM1的“扳手”，能开世界上所有的门(一些特殊的门如最终迷宫的门除外)，回去把以前进不去的门都开一遍吧XD
五、新大陆
开船从以斯拉港往南开，然后往东，会看到一个山洞，这是黑暗水道。进入之后会看到上方有几处可以上岸，那里基本只有些宝物，开到最右边有个闸门挡住去路，从最右边的楼梯下去，经过几次上下楼梯之后来到一个计算机前，打开闸门，然后返回战车。接着开到水路最右侧到头，如果往下就可以出去到一片新的海域了，而如果往上的话，有个楼梯只有下战车才能下去，这里就是要和卡里奥斯特罗决斗了(建议先出去，到镇子里换了新的战车装备再类，卡里奥斯特罗是可以用战车打的)，下楼梯以后音乐会变，不要直接往下冲，往左走然后往下，来到一个计算机前打开闸门，于是就可以让战车从这里上来，接下来要做的就是开战车打倒卡里奥斯特罗了。
接下来往南可以到摩洛玻克镇，而从刚才的水路出口处往上，可以到困境之洞，洞内可以得到No.6战车，这个洞内有许多墙壁有裂缝，调查后把墙打坏就可以开路，下到B3，会看到一辆战车停在水里，绕过去把一个裂缝处打开，水会流走，下去取战车吧!注意，摩洛玻克镇入口处左边的楼梯有敌人，上楼之前作好准备。
出摩洛玻克镇之后笔直往南然后往西，过了南ゲート后有两条路可走，往西是出售许多强力装备的人类村和履带村(不能传送到达)，往北看到峡谷后往东，来到尽头可以看到一个监狱模样的地方，那是死亡十字。进死亡十字的时候会看到13号赏金首，不过一样会逃跑(没看到的话说明之前条件没满足，重新满足条件就会出现)，与入口处旁边的人对话，他会给你每人一个天使环，这是监狱犯人的标志，主角们就这么被当成犯人关进去了……如果是GBA版的话，可以直接去中间房屋内的一个往上的楼梯去打败臭鼬复制品，就可以解放这个镇子。而SFC版则麻烦一些：
来到死亡十字右下角的空地，会看到5个油桶，按照从上到下的顺序，由右往左推。然后跟那个人对话，听到他说什么北西，就是已经做好了。然后来到西北角的屋子前，跟拦路的人对话，他就会让路了。进去后，在第2张桌子的最下方有份饭菜。调查后选是，吃吧。然后第2天再去推油桶，重复前一天的动作，又要去到昨天那个地方推油筒，顺序还是一样的，只是要推两次(按从上到下的顺序，从左到右，然后再按从上到下的顺序从右到左，这样一个来回算一次)，推完后回到昨天的地方吃饭吧。第3天推完后，不要再吃饭了，跟拦在厨房门口的人对话，他会让开路。进去之后，箱子不要动，否则会被电晕，又要过推油筒的日子了。调查衣柜得到一个勺子，到109号室(中间大柜台右边的第三个房间，也就是电椅室的左边那个屋子)，每间室外面会贴这门牌号的，调查就可以知道了。推开黄色的柜子，在此处使用勺子后，出现下水道。从中间的楼梯上去，上到顶楼，打败臭鼬复制品之后，镇子就解放了，并且往西面的路也开通了。
死亡十字往西的沙漠里有不少道具可挖，而走到尽头会来到巴特博士的研究所进行No.8战车的制造，具体见“战车一览”。而之前的天使环是卖不掉的，可以去马多保存起来。
※ 进死亡十字之前其实可以往下走进峡谷，往西不远就可以到达最后的镇子核熔，那里有许多强力装备卖，同时镇子附近还可以遇到15号赏金首军舰恐龙
六、恶魔岛
从死亡十字往南进峡谷，就可以来到最后的城镇核熔，这里有最强的物品出售，而如果之前满足了所有的条件，就可以在下水道里和13号赏金首决斗了。镇子附近的会遇到的军舰恐龙身上有世界最强的大炮，虽说很重但威力强大，要获得就得S/L了。
离最终迷宫只有一步之遥了，从核熔往西出了峡谷，就可以来到最终迷宫巴亚斯都市，但入口的门却打不开，需要特殊的钥匙同步装置才行，这特殊的钥匙就藏在德尔塔西面的恶魔岛。
开船刚到恶魔岛时会遭到炮击，水洞入口和大厦入口都是相通的，进哪个都可以。进了大楼之后，却发现没有一个敌人，上2F必须下战车，上楼之后看到有很多房间被锁上了，却找不到电脑来打开。先把能拿的宝箱拿走，一直往上冲(楼梯有点绕)，直到有一层楼会看到一个怪人坐在椅子上，那是12号赏金首蓝蛙，不过先别去找他，先从右上角上到楼顶把几个炮台都推下去，否则下次还会遭炮击，然后下楼去找蓝蛙吧，他会乘身后的传送器逃跑，不要乘传送器去追，否则红狼的悲剧又将重演，耐心按原路返回吧，你会发现一路上关着的房间都打开了，不过也会开始随机遇敌了。下到1F，乘上战车后回到入口附近，蓝蛙就会冲上来和你打，虽然有战车，但对方的实力也不容小视。打败他之后就可以离开了，不过如果你没拿到同步装置的话，还得回去把各层宝箱重新检查一遍(抱歉我忘了是哪个宝箱了)。
七、最终迷宫
从核熔一路往西，终于来到了最终BOSS的所在地巴亚斯都市，入口处用同步装置打开之后，先按图上的位置得到ID卡2和ID卡3，密码知道就可以，不用特意去获得。然后进入中央建筑物中，先在左右门内的计算机上输入密码，然后回到中间，用两张ID卡打开第二道门，乘电梯进入B1。
下到B1后，正面的门暂时打不开，先从左路下去(要下战车，等级不高的话随时有可能被K死，所以以下所述路线尽量简洁)，到B2后一直往下，调查图中标有A的计算机，打开对面的门，然后返回B1，从右路下B2，下去后一直往下，调查那个蓝圈标示计算机并OFF，然后从旁边的楼梯下到B3，往右到头后往上，看到有两个骷髅的地方，调查床之间墙上的计算机并OFF，继续往上到尽头，把两个计算机都OFF。
接下来要和泰德布罗拉决斗了，整顿一下装备吧，从刚才的位置原路返回B2到那个蓝圈计算机的地方，这次往左走，路上把B号计算机对应的门打开，从左边下楼梯到B3，右边的计算机不开也可以，那道门可以以后再开，主要是尽量缩短路程。一路往左然后往上，来到尽头就要和最终赏金首泰德布罗拉作个了解了，由于只能白兵战，所以这家伙比最终BOSS更令人头疼。战斗前最好回核熔多买些聚合液态甲备用，战斗被打爆的话立刻换新，而如果拥有带热防御功能的LOVE部件会使难度降低很多，记得战斗中要不断地使用，同时其他人全力进攻，大约40级左右可以获胜，30级左右的话会非常吃力，泰德布罗拉的HP比你想象的要多。打赢泰德布罗拉之后，赶快逃回去重新整顿吧，一会儿还有要下战车的地方，临走之前记得把房间上面的两台计算机都OFF掉。
重新回到B1，刚才的4个蓝圈计算机全部OFF的话，就可以调查左边的计算机打开大门了，开着战车一直下到B3，有上下两条路可走，上方的电梯暂时不能用，往下走下到B4，到B4之后往上会来到一个十字路口，上方和右边的路都没有实际意义，只有十字中间的斜坡和左路有用。先往左路走，下战车之后会看到一个往上的楼梯，不要去，是死路，往上走，从一个向下的楼梯下到B5，从右边的传送器传送到中间的大房间，旁边会有两个克隆人士兵来打你，能避则避，记得把传送器左边那个控制克隆人再生的电脑关闭，然后从左边的通风管道进入，一直到右上角尽头出来，往下走并把尽头的电脑关闭，会看到左下方墙壁那边的一个两扇门的地方畅通了。原路返回到B4，乘上战车从十字中间的那个斜坡下到B5，往右之后看到3台电脑，调查中间那台选ON把电梯打开，不过不要急着回去，继续往右走下到B6，有No.7战车和诸多珍贵宝物可拿(见图)。
回到B3，乘电梯下到B6，往下会遇到两次激光防御系统和要打6组防御机器，只能硬闯，因为控制电脑在B7。下到B7后，这里就是最终BOSS的所在地，先把旁边的电脑给OFF了，别急着打BOSS，先从左下方的楼梯下去，下很多层后来到最底层B13，这里只有两个计算机，用密码4913把两台都OFF，这样最终BOSS就不会再生了。顺便提一下，这个密码是在玛丽娜身上获得的。回到B7，与最终BOSS开战吧，比起MM1的诺亚，巴亚斯·布拉多似乎不能算强，取胜应该不难，打完第一形态之后，它会变身成超级·布拉多，不过能力也没提高多少。获胜之后，巴亚斯都市开始爆炸，主角一行人漂到了西面那个上浮下沉的大厦水之旁道，等醒来之后，发现战车已经不见了，世界也和平了。
……